В ходе избирательной кампании «ЯБЛОКО» выступило против начала
второй войны в Чечне, выдвинув план
изоляции Чечни по линии
Терека. Поскольку война была популярна в обществе, это повлекло снижение популярности и уменьшение числа голосующих за список. Получив на выборах 5,4 % голосов, «ЯБЛОКО» сформировало фракцию в составе 21 человека (3 человека были избраны по одномандатным округам). В течение созыва фракция постепенно уменьшалась. Член фракции
Сергей Степашин был назначен Председателем
Счетной Палаты, Елена Мизулина и
Николай Травкин перешли во фракцию СПС, Петр Шелищ — во фракцию «
Отечество». После смерти в 2003 году депутата
Юрия Щекочихина его место занял
Алексей Захаров. Несмотря на то, что в третьем созыве «ЯБЛОКО» первоначально не получило ни одного поста председателя комитета (они были разделены в результате сепаратного соглашения между фракциями «Единство» и КПРФ), оно стало в результате самым эффективным депутатским объединением (по соотношению вступивших в силу законопроектов и числа депутатов). Лишь в 2002 году фракция получила один пост председателя Комитета — Комитет по образованию и науке возглавил Александр Шишлов, который в 2003 году был признан «Учительской газетой» политиком года в сфере образования. Заместителем председателя Государственной Думы от «ЯБЛОКА» на протяжении всего созыва был Владимир Лукин. В ходе работы 3 созыва Государственной Думы фракция активно выступала против принятия закона о разрешении ввоза в Россию иностранных ядерных отходов, законопроектов, посвященных реформе электроэнергетики. Депутат Сергей Митрохин принимал активное участие в разработке нового муниципального законодательства, Алексей Арбатов разработал и внес в парламент законопроект «О статусе участника боевых действий». Фракция вносила законопроект, предоставляющий отсрочку от службы в армии для молодых людей, работающих учителями в городских школах (соответствующая отсрочка действовала в отношении сельских учителей). В 2003 году фракция инициировала рассмотрение вопроса о недоверии правительству
Михаила Касьянова. В
2001,
2002 и
2003 годах фракция представляла на рассмотрение парламента альтернатинвый проект Государственого бюджета, который составлялся под руководством депутата
Игоря Артемьева силами партийной Группы экономического анализа и «ЭПИцентра» — партийного
НИИ.