1995 год был поворотным пунктом в истории развития «Новой Хронологии». В этом году выходит первая книга, написанная А. Т. Фоменко в соавторстве с Г. В. Носовским, она же — первая книга, посвящённая не малоинтересным широкому читателю вопросам датировки Альмагеста и римских династий, но полному пересмотру русской истории:
«Новая хронология Руси, Англии и Рима». В
1996 г. последовала новая книга соавторов, уже представляющая развёрнутую версию русской истории: «Империя. Русь, Турция, Китай, Европа, Египет. Новая математическая хронология древности». С этого момента книги по «новой хронологии» начинают выходить почти каждый год коммерческими тиражами и получают широкую рекламу, прежде всего усилиями Г. В. Носовского. Именно во второй половине
90-х годов «Новая хронология» становится феноменом массовой культуры, так что к концу десятилетия академическая среда, ранее с презрением игнорировавшая её, видит себя вынужденной реагировать на распространившееся учение и начать борьбу с ним.
22 апреля 1998 ситуация, сложившаяся вокруг учения Фоменко, обсуждалась на бюро Отделения истории РАН. «Новая Хронология» была охарактеризована как лженаука, как «сознательная грандиозная историческая фальсификация в форме исторического сочинения» её массированная пропаганда — как «деструкция общественного сознания»; тем не менее, было принято решение не привлекать к ней лишнего внимания публичной дискуссией, а вместо этого лучше пропагандировать историческое знание. Тем не менее, дискуссия быстро разгорелась, и начали выходить особые «антифоменковские» сборники. Первый из них вышел уже в том же 1998 г.; там Фоменко ещё разбирался в ряду с Э. Радзинским и М. Аджи (
Д. Володихин и др. «История России в мелкий горошек»)
21 декабря 1999 г., в МГУ состоялась
конференция «Мифы новой хронологии». В конференции, на которой работы Фоменко были кваличифированы как часть явления
фолк-хистори, приняло участие большое число специалистов: историков, археологов, филологов, математиков, физиков, астрономов; Фоменко на неё не явился, несмотря на неоднократные приглашения . В конце 1999—2000 гг. «Вестник РАН» вёл (одностороннюю) дискуссию с теорией Фоменко, затем прекращённую, так как антинаучность последней была сочтена доказанной. В дискуссии, шедшей сначала в печати, а затем и в Интернете, сторонники и противники «Новой хронологии» многократно обвиняли друг друга в подлоге, натяжках, передёргивании фактов, личной мести и политических мотивах; кроме того, профессионалы также обвиняли Фоменко и Носовского в дилетантизме и некомпетентности. К настоящему моменту накал дискуссий снизился. Сейчас каждая сторона считает свои аргументы неопровержимыми, а ошибочность точки зрения оппонентов — полностью доказанной. K настоящему времени общее число крупных публикаций А. Т. Фоменко и его группы составляет около 70-и.