Главный герой, Синдзи Икари живет обычной жизнью. Но однажды, поздно вечером он замечает что его одноклассница
Рей Аянами встречается с каким-то парнем, который на следующий день переводится в его школу. Одновременно с этим он находит непонятный круглый камень. На следующий день парень с которым Синдзи видел Рей переводится в школу Синдзи и им оказывается
Каору Нагиса. Однако, он ведет себя так, как будто не знает Рей. Желая понять какие отношения между Каору и Рей, Синдзи пытается проследить за ними и в итоге наталкивается на одного из Ангелов, Рамиила, требующего вернуть найденное Синдзи ядро, которым и оказывается найденный Синдзи камень. Так-как Синдзи каким-то образом удается победить Ангела, ему предлагают присоединиться к хранителям, на что он в итоге соглашается.