С точки зрения Синдзи,
Мисато дома неряшливая, ленивая, и иногда ему стыдно на неё смотреть. Человеку же, чьей девушкой она станет, придётся нелегко. Однако, как поясняют
Тодзи и
Кэнске, подобное её поведение — признак того, что Синдзи для неё часть семьи, с которым можно вести себя естественно. В начале знакомства Синдзи и Мисато, видя что Синдзи собирается жить совсем один, Мисато принимает решение стать его опекуном и взять его в свой дом. Так как дом Мисато теперь — и дом Синдзи, она делит с ним домашние обязанности, разыгрывая их в «камень, ножницы, бумага». В результате, большая часть обязанностей ложится на Синдзи, а ту часть, что досталась ей, Мисато выполняет не всегда, объясняя это своей забывчивостью. За подобное поведение, а также за её одежду, которую он считает неприличной, Синдзи поначалу регулярно критикует Мисато, и эту критику она рассматривает как признак того, что Синдзи немного приободрился. В свою очередь Мисато подшучивает над Синдзи, например, когда он слишком долго смотрит на фотографию
Рэй. С появлением
Аски, их подшучивания и критика заканчиваются. Однако отношения остаются достаточно доверительными. Так, после того как Тодзи получает тяжелые ранения в результате применения Гэндо системы псевдопилота — Синдзи жалуется на это Мисато. Позднее, Синдзи растворяется в Евангелионе-01 и не знает, хочет ли он возвращаться или нет. Спасательная операция направленная на то, чтобы извлечь его из Евы, терпит крах. И то, что Синдзи в итоге покидает Евангелион — по предположению
Рицуко, является заслугой Мисато. Наконец, Мисато Синдзи изливает свою боль о том, что был вынужден убить
Каору. В «
The End of Evangelion» из-за этого убийства, а также из-за того что он, по его мнению, отвратительно поступил с Аской, онанируя на неё — Синдзи не желает сражаться. Но после того, как умирающая Мисато грозит, что никогда не простит его, и дарит «взрослый» поцелуй, обещая, что все остальное будет, когда он вернется, Синдзи меняет свое решение.