Родился 4 декабря 1830 г., по окончании школы гвардейских подпрапорщиков и кавалерийских юнкеров был произведён 26 мая 1849 г. в прапорщики
Лейб-гвардии Семёновского полка; в 1853 г. окончил с малой серебряной медалью курс обучения в
Императорской военной академии и, будучи назначен в
Кавказский отдельный корпус, состоял сперва при
Н. Н. Муравьёве-Карсском, а затем при князе
А. И. Барятинском, и за отличие при штурме
Карса 17 сентября 1855 г. получил в 1856 г. орден
св. Анны 4-й степени с надписью «За храбрость». В 1866 г. в чине полковника Махотин был назначен помощником начальника штаба войск гвардии и Петербургского военного округа; 30 августа 1868 г. произведён в генерал-майоры, в 1872 г. получил орден
св. Станислава 1-й степени, а в 1874 г. — орден
св. Анны 1-й степени. В 1876 г. назначен начальником штаба
Московского военного округа, в 1878 г. награждён орденом
св. Владимира 2-й степени. В 1879 г. Махотин занял должность помощника начальника Главного штаба, а в 1881 г. — пост Главного начальника военно-учебных заведений; 20 апреля 1880 г. произведён в генерал-лейтенанты; в 1885 г. был удостоен ордена
Белого Орла.