В настоящий момент, существуют некоторые ограничения в применения данного способа секвенирования. Лимитирующим фактором является длина последовательности нуклеотидов, которая составляет около 300-500 нуклеотидов, что короче, чем 800-1000 нуклеотидов, достижимые методом обрыва цепи (например,
метод Сэнгера). Такие ограничения могут затруднять секвенирование
геномов, в частности, богатых повторенными последовательностями нуклеотидов. К
2007 году, пиросеквенирование обычно использовали для повторного секвенирования или секвенирования геномов, для которых известна последовательность нуклеотидов родственного вида.