Покровский был одним из организаторов
Социалистической (1918, с
1924 —
Коммунистической) академии, Государственного учёного совета (
1919),
Института истории АН СССР,
Института красной профессуры (
1921). В различные годы был председателем президиума Коммунистической академии, ректором Института красной профессуры (с 1921), председателем Общества историков-марксистов (с
1925), заведующего Центрархивом (с
1922) и возглавлял ряд других организаций в сфере науки и идеологии. Кроме того, он являлся редактором исторических журналов «Красный архив», «Историк-марксист», «Борьба классов» и членом Главной редакции
БСЭ; активно участвовал в деятельности Истпарта, Института Ленина и множества других научных учреждений.