Букстехуде работал органистом, сначала в Хельсингборге (
1657—
1658), затем в
Эльсиноре (
1660—
1668), а затем, начиная с 1668 года, в
церкви Святой Марии в
Любеке. Его положение в вольном имперском городе Любеке предоставляло большую свободу действий и благоприятствовало развитию его музыкальной карьеры. С
1673 г. Букстехуде организует вечерние музыкальные представления («
Abendmusik»), которые привлекали музыкантов со всей Германии и продолжали проводиться в церкви до
1810 г. В
1705 г. Иоганн Себастьян Бах прошёл пешком около 400 км из
Арнштадта, чтобы попасть на такой вечер, где Букстехуде импровизировал на органе. Когда Букстехуде познакомился с Бахом и
Генделем, он был уже стар и собирался отойти от дел. Его настолько впечатлили дарования этих двух людей, что он предложил заменить его на посту сразу обоим, поставив лишь одно условие: принявший предложение должен будет жениться на его старшей дочери, Анне Маргарите (ни Бах, ни Гендель на это предложение не согласились).