Мышь-малютка населяет южную часть лесной и лесостепную зону, по долинам рек проникая почти до
Полярного круга. В горах поднимается до 2200 м над уровнем моря (центральная часть
Большого Кавказского хребта). Предпочитает открытые и полуоткрытые местообитания с высоким травостоем. Наиболее многочисленна на высокотравных лугах, включая
пойменные, на
субальпийских и альпийских лугах, на сплавинах, среди редких кустарниковых зарослей, бурьянной растительности на пустошах, на залежных землях, сенокосах и межах. В
Италии и
Восточной Азии встречается по
рисовым чекам.