Морская
биота региона произошла от представителей
Индийского и Тихого океанов, попавших в Карибское море до возникновения Панамского перешейка около 4 млн лет назад., в том числе
акулы (
бычья акула,
тигровая акула,
шёлковая акула и
карибская рифовая акула), летучие рыбы,
морские дьяволы, оранжевоплавничный хирург (Acanthurus bahianus), рыба-ангел (Pomacanthus), глазчатая рыба-бабочка (Chaetodon ocellatus),
рыбы-попугаи, гигантский окунь (Epinephelus itajara),
тарпон и
мурены. Во всём Карибском регионе производится промышленный вылов
лангустов,
сардин (у берегов Юкатана) и некоторых видов
тунцов. Альбулевые,
барракуды,
марлины и
ваху популярны у рыбаков-любителей. Некоторые виды находятся под угрозой вымирания, их популяция, по оценкам исследователей, сильно уменьшилась с XVII века — число зелёных черепах снизилось с 91 млн до 300 тыс. особей, а бисс — с 11 млн до менее чем 30 тыс. к 2006 году.