Водоёмов на территории заповедника немного: имеется несколько речек, озёр и немногочисленные
болота. Среди
рек самыми большими являются Таденка, Паниковка и
Сушка. Самая крупная из них — Таденка — берёт начало чуть севернее заповедника. Её длина составляет около 9—10 км, а ширина — до 4 м
Исток Паниковки расположен в центре заповедника. Её размеры меньше, чем у Таденки: длина — около 6
км, ширина — до 1,5 м. Сушка и Таденка впадают в
Оку, а Паниковка теряется в небольшом
карстовом озерке к югу от заповедника и попадает в Оку лишь по подземным путям. Берега рек покрыты густыми зарослями
ольхи,
ивы и
ели.