По сравнению с сериалом гораздо более чётко показана линия Рэй и Синдзи. В частности, он размышляет о том, почему, приходя к ней домой, вспоминает, как упал на неё, когда девушка была обнаженной, о том, что всё больше и больше сближается с ней и о том, что она почувствовала, когда Синдзи коснулся её в последний раз. Помимо этого, Синдзи пытается сформулировать своё отношение к Рэй — «люблю» или «хочу встречаться» — он не может выразиться такими простыми словами. Однако, он приходит к выводу что Рэй для него как часть его самого, оторванная давным-давно. И если в сериале Синдзи просто впадает в глубокую депрессию после смерти Рэй, то в манге у него начинается регулярная
гипервентиляция, доводящая Синдзи до потери сознания. Кроме того, несколько видоизменены отношения с Аской: поцеловаться она предлагает не дома у Мисато, а в
Геофронте во время отключения электричества. Собственно сам поцелуй так и не происходит из-за того, что в этот момент появляются
Кадзи и Мисато. И если в сериале не сообщается мнение Синдзи о поцелуе, то согласно манге он рад, что поцелуя так и не произошло, хотя и, возможно, немного сожалеет об этом. Также, после того как Аска разъясняет Синдзи, что Хикари злая с Тодзи потому как той для неё привлекателен — Синдзи предполагает что Аска злая с ним по той же самой причине. Однако он приходит к выводу что у Аски все наоборот — она злая со всеми, но добрая с Кадзи, которого любит.