Город был основан около 3000 лет назад. Археологи находят следы до-
чавинских культур в
Кумбе-Майо и
Кунтур-Васи. В период между
1463 и
1471 годами эти территории завоевал энергичный и талантливый полководец
Тупак Инка Юпанки, присоединив таким образом Кахамарку к Империи Инков.
left|200px|thumb|Улицы Кахамарки
В первую очередь Кахамарка занимает место в истории в связи с событиями
1532 года.
Атауальпа победил своего брата
Уаскара в битве за трон империи. По пути в
Куско он остановился в Кахамарке с 80-тысячным войском; здесь он встретился с отрядом из 168
конкистадоров во главе с
Франсиско Писарро, который шёл из
Пиуры.
Эрнандо де Сото и Винсент де Вальверде вручили Атауальпе «Рекверимьенто», но тот ответил категорическим отказом. Это дало основание Пиcарро объявить инков врагами Испании и Церкви. В
битве при Кахамарке конкистадоры захватили в плен Атауальпу, убив при этом несколько тысяч воинов и мирных жителей инков. Однако после битвы оказалось, что количество конкистадоров стало значительно меньше, поэтому они укрылись в главном храме города вместе с главой империи, требуя за него
выкуп. Атауальпа предложил Писарро заполнить
помещение, в котором его держали в цепях, до потолка золотом, и таким образом выменять свою жизнь. Однако, получив сокровища, конкистадоры не сдержали слова и убили последнего императора Инков.