Химический состав пятен Каспари остаётся спорным. Их описывают как состоящие из
лигнина, суберина, или и того, и другого сразу. По результатам некоторых исследований, пятна Каспари появляются как локализованные осаждения
фенольных и ненасыщенных жирных веществ между радиальными стенками, то есть, в середине
ламеллы, где они образуют частично окислившиеся плёнки. Основная стенка покрывается коркой, а затем утолщается отложениями из того же вещества, что и на внутренней стенке. Клеточная стенка утолщяется материалом, составляющим пятна Каспари, предположительно блоками субмикроскопических
капилляров в стенке. Кроме того,
цитоплазма клеток эндодермы относительно крепко присоединена к пятнам Каспари, так что клетки не всегда отделяются от пятен, когда ткани подвергаются воздействию плазмолитических или других агентов, обычно вызывающих сокращение
протопласта. Таким образом, пятна Каспари появляются для образования барьера, в котором апопластический поток вынужден проходить через полупроницаемую плазменную мембрану в цитоплазму (как
симпласт), а не идти вдоль клеточной стенки.