Белинелли начал профессиональную карьеру в клубе «
Виртус» из
Болоньи, в чемпионате Италии дебютировал 4 апреля 2002 года, в 16 лет. В 2003 перешёл в другой болонский «
Фортитудо». В обоих клубах на его основными игроками на его позиции были аргентинцы,
Ману Жинобили («Виртус») и
Карлос Дельфино («Фортитудо»), будущие олимпийские чемпионы и игроки НБА. В 2004 году с уходом Дельфино в «
Детройт Пистонс» 18-летний Марко получил возможность проявить себя и попасть в основной состав команды. Изначально тренер Жасмин Репеша использовал Белинелли при игре в защите, но со временем всё больше доверял ему завершать атаки команды дальними бросками, в итоге Марко стал одним из самых результативных игроков «Фортитудо». В 2005 году баскетболисты «Фортитудо» выиграли чемпионат и суперкубок Италии, а Белинелли был признан самым ценным игроком матча за суперкубок. После его яркой игры в чемпионате Италии и на чемпионате мира баскетбольные специалисты заговорили о Марко, как о восходящий звезде итальянского баскетбола.