20 июля 1832 г. он был назначен старшим адъютантом в штаб 3-го пехотного корпуса, а в конце года был переведён в штаб 4-го пехотного корпуса. В начале следующего года Семякин был командирован в распоряжение Новороссийского и Бессарабского генерал-губернатора для поручений по части Генерального штаба и в том же году был произведен в капитаны. На новой должности ему пришлось проявить свой ум и развернуть свои блестящие способности в самой разнообразной деятельности. В 1833 г., по высочайшему повелению, он был командирован в Бессарабию для описания островов, лежащих в устье р. Дуная, и для составления проектов: относительно перемещения пограничной стражи с
Килийского на
Сулинский рукав р. Дуная и относительно разработки соли в бессарабских соляных озёрах. В следующем году ему было поручено составление следующих проектов: об улучшении почтового сообщения в Новороссийском крае и в Бессарабской области, о размежевании
Одесского и
Тираспольского уездов
Херсонской губернии для составления Ананьевского уезда и об определении оброчных статей Бессарабской волости и указания источника по рыбному промыслу в реках Дунае и
Днестре, в
Чёрном море и в озёрах островов Четали, Алети и Гергиевского. За блестящее исполнение этих поручений Семякин был награждён императорской короной к ордену
св. Анны 2-й степени, причём проекты его удостоились Высочайшего одобрения и впоследствии были приведены в исполнение. В начале 1835 г. Семякин был переименован в майоры, с зачислением по армии и с назначением дежурным офицером при Новороссийском и Бессарабском генерал-губернаторе. В том же году ему было поручено размежевание Бессарабской области для составления девяти уездов вместо прежних семи. Помимо этой деятельности он ежегодно совершал поездки по рекам
Пруту и Дунаю для осмотра пограничной стражи и разбора претензий и для ревизии госпиталей, ордонанс-гаузов и военно-судных комиссий Новороссийского края и Бессарабской области. Произведенный в 1837 г. в подполковники, Семякин 26 октября того же года был командирован в Одессу для заведования карантинным оцеплением, вследствие появления в этом городе чумы, и пробыл в этой командировке четыре месяца. Принимая радикальные меры против распространения этой болезни, он проявил замечательную энергию в этом отношении и, не щадя ни трудов, ни сил, был одним из самых неутомимых деятелей в борьбе с заразой. Труды его были оценены по достоинству, и после прекращения чумы он был награждён арендой на 12 лет, по 750 рублей ежегодно, и особою золотою медалью. 3 декабря 1839 г. Семякин был награждён знаком отличия беспорочной службы за пятнадцать лет и орденом
св. Георгия 4-й степени за беспорочную 25-летнюю службу в офицерских чинах (№ 6031 по
списку Григоровича—Степанова), а в следующем году, за отличие по службе, был произведён в полковники.