У Стефана не хватало силы открыто разорвать с царём, и в то же время он не мог примириться с происходящим. В
1712 г. Стефан подверг резкой критике учреждение фискалов и современное положение
России, назвав царевича Алексея «единой надеждой» страны. Сенаторы, слушавшие проповедь, поспешили препроводить её текст царю. Пётр оставил Стефана в покое, но сохранил в силе сенаторское запрещение ему проповедовать. При разборе дела об Алексее царь старался добраться до Стефана, желая изобличить его не в мимолетных только сношениях с царевичем. В
1713 г. началось дело Тверитинова и друг., увлекавшихся лютеранством. Стефан приложил все свои силы, чтобы изобличить их и тем косвенно обвинить и самого царя, потворствовавшего лютеранам. Это дело ясно обнаружило диаметральную противоположность тенденций Петра и Стефана и произвело окончательный разлад между ними. Стефан выказал явно пристрастное и нетерпимое отношение к обвиняемым. Пока шёл суд над еретиками, он писал обширное сочинение против лютеран: «Камень веры, православным церкве святыя сыном — на утверждение и духовное созидание, премыкающимся же о камень претыкание и соблазна — на восстание и исправление». Книга имеет в виду специально православных, склоняющихся к протестантству, и обнимает все догматы, оспариваемые протестантами. Каждый догмат излагается, затем доказывается, и, наконец, опровергаются возражения на него. Доказательства Стефан берет из Св. Писания, соборных правил, св. отцов. Оспаривая протестантские мнения, Стефан обильно черпает доводы из католической системы. Католический элемент вошёл в статьи об оправдании, о благих делах, о заслугах сверх требуемых, о наказании еретиков. Мнения, изложенные в статье о наказании еретиков, Стефан проводил и в жизни, напр. к раскольникам он относился по-инквизиторски. Стефан окончил «Камень веры» в
1718 г., но при жизни Петра книга не могла быть отпечатана и была издана только в
1728 г., с разрешения Верховного тайного совета, по засвидетельствованию Феофилакта Лопатинского и под его наблюдением. Протестанты тотчас же по выходе книги начали полемику против неё (рецензия в Лейпцигских учёных актах
1729 г., книга Буддея
1729 г., диссертация Мосгейма
1731 г. и т. д.). Её взяли под свою защиту католики: доминиканец Рибейра написал опровержение на книгу Буддея. В России вышел злостный
памфлет на «Камень веры», «Молоток на камень веры», с выходками против Стефана. В настоящее время за «Камнем веры» остаётся теоретическое значение: в нём Стефан выставил догматическую систему православной веры. Другую систему дал
Феофан Прокопович. «Первая из них, — говорит Ю. Самарин, — заимствована у католиков, вторая — у протестантов. Первая была односторонним противодействием влиянию реформации; вторая таким же односторонним противодействием иезуитской школе. Церковь терпит ту и другую, признавая в них эту отрицательную сторону. Но ни той, ни другой церковь не возвела на степень своей системы, и ни той, ни другой не осудила; след., лежащее в основании обеих понятие о церковной системе церковь исключила из своей сферы, признала себе чуждым. Мы вправе сказать, что
православная церковь не имеет системы и не должна иметь её». Этими словами Самарина определяется значение «Камня веры». Последовавшие за делом Тверитинова события ещё больше расширяли пропасть между царём и Стефаном В
1718 г. состоялся процесс царевича Алексея. Царь указал Стефану приехать в
Петербург и держал его здесь почти до самой смерти, лишая его этим даже той незначительной власти, которой он дотоле пользовался. Приблизительно в это время разыгрался инцидент с Феофаном Прокоповичем. Стефан не желал, чтобы Феофану досталось епископское место. Он видел в его учениях, в его лекциях сильные следы протестантского влияния. Царь выслушал оправдания Феофана и назначил его епископом; Стефан должен был принести извинение перед Феофаном. Он сделал это, чувствуя себя правым. Церковно-административная деятельность Стефана совершенно прекратилась; он не принимал никакого участия в подготовительных действиях к церковной реформе, без него писался
Духовный регламент, церковное управление также шло мимо его рук.