Ненадолго съездив в Германию, Фридрих осенью
1163 года возвратился в
Ломбардию и стал готовиться к походу на
Рим. Однако новые затруднения остановили его.
Венеция,
Верона,
Виченца и
Падуя объединились в антинемецкую лигу. В апреле умер
Виктор IV. Избранный на его место Пасхалий III имел гораздо меньше сторонников, чем
Александр III. Император попробовал напасть на
Верону, но у него было слишком мало сил для ведения серьёзной войны. Осенью
1164 года он отправился в Германию, где надеялся собрать новое войско. Дела опять задержали его на полтора года. Только весной
1165 года Фридрих с большой армией перешёл Альпы и двинулся прямо на Рим.
24 июня немцы осадили замок святого Ангела и заняли весь левый берег
Тибра.
Александр III укрылся в замке Франджипани рядом с Колизеем. Фридрих предложил обоим папам для избежания кровопролития сложить с себя сан и провести новые выборы. Александр отказался, и это сильно повредило ему в глазах горожан. Известные своим непостоянством римляне повернулись против папы, и тому пришлось бежать в
Беневент. Император торжественно въехал в город, а
30 июня состоялась интронизация Пасхалия в храме святого Петра. Однако Фридрих не оставил своему стороннику даже тени той власти, которой пользовались до него папы.
Сенат и
префект города стали подчиняться лично императору, который таким образом взял управление
Римом в свои руки. Казалось, Фридрих достиг пределов своих желаний. Но тут непредвиденные обстоятельства смешали ему все планы: в августе в немецком войске началась жестокая эпидемия чумы.