Из известных видов грибов в образовании лишайников участвует около 20 %, в основном это
аскомицеты (~98 %), остальное
базидиомицеты (~0,4 %), некоторые из них, не имея полового размножения, формально относятся к
дейтеромицетам. Существуют также актинолишайники, в которых место гриба занимают мицелярные
прокариоты актиномицеты. Фотобионт в 85 % представлен
зелёной водорослью, встречаются 80 видов из 30 родов, наиболее важным из которых является
Trebouxia (входит в состав более чем 70 % видов лишайников). Из цианобактерий (в 10-15 % лишайников) участвуют представители всех крупных групп, кроме Oscillatoriales, наиболее распространён
Nostoc. Часты
гетероцистные формы Nostoc, Scytonema, Calothrix и Fischerella. В талломе лишайника клетки цианобионта могут структурно и функционально модифицироваться: увеличивается их размер, изменяются форма, уменьшается количество карбоксисом и количество материала оболочек, замедляется рост и
деление клеток.