Международная организация гражданской авиации (ИКАО) провела два расследования: одно непосредственно после катастрофы и другое спустя восемь лет — после того, как по указанию Президента
Б. Н. Ельцина в начале
1993 года в ИКАО были переданы копии всех записей «
чёрных ящиков» и копии всех переговоров между командными пунктами на Дальнем Востоке в ночь с 31 августа на 1 сентября. Обе комиссии пришли к выводу, что наиболее вероятной причиной отклонения от маршрута полёта было то, что пилоты KAL007 неправильно настроили
автопилот и затем не выполняли надлежащих проверок для уточнения текущих координат. То есть нарушение воздушного пространства СССР было неумышленным, и в действительности корейский авиалайнер не участвовал в разведывательной операции. Этот вывод предполагает полную некомпетентность или вопиющую халатность корейского экипажа и ставится под сомнение некоторыми специалистами.