Как и гемагглютинин, нейраминидаза — очень важный поверхностный антиген вируса. Для вируса гриппа типа А обнаружено две
антигенные вариации. Изменения в аминокислотной последовательности
антигенов идут постоянно из-за давления отбора
антител иммунизированной
популяции. В результате генетической
рекомбинации появляются вирусы с антигенной последовательностью, значительно (до 50 %) отличающейся от таковой у циркулирующих
штаммов. Такие изменения в подтипах как по гемагглютинину, так и
нейраминидазе произошли у человеческого гриппа в
1957 году (когда вирус H1N1 перешел в H2N2), в
1968 (H2N2 в H3N2) и в
1977 (H3N2 в H1N1, хотя вирус H3N2 продолжил циркулировать). Подобные
мутации ответственны за большинство
пандемий, прошедших в последнее время. Различия между подтипами выявляются по отрицательной перекрестной реакции на
сыворотку к каждому из них. Вирус гриппа типа B не выявляет подобной смены антигенной специфичности, хотя изменения в строении антигенов также происходят.