Почти сразу после основания монастырь стал крупным землевладельцем. В разных уездах России для него были приобретены вотчины. На большую часть земли царём Алексеем Михайловичем выдавались жалованные грамоты. В 1658 году Никон был вынужден оставить Москву. В качестве опального патриарха он прожил в Воскресенском монастыре 8 лет. В личное управление патриарху были переданы три основанные им монастыря: Воскресенский,
Иверский,
Крестный. По документам того периода три этих монастыря были объединены в одну вотчину, в которую входили солеварни в Усолье Каменском и
Старой Руссе, рыбные ловли на
Кольском полуострове, два московских подворья, земли в центральных и северных уездах. Основной доход с этого владения шёл на сооружение Воскресенского собора. Церковный собор 1666—1667 годов определил статус монастыря как рядовой подмосковной обители. Земельные владения единой вотчины были разделены между тремя монастырями, созданными Никоном. С воцарением
Фёдора Алексеевича, ученика Никона, возобновляется строительство монастыря. Царь приписал Новому Иерусалиму 20 монастырей, пожаловал ему новые земли. Перед секуляризацией церковных земель монастырь владел 13935 (по другим данным 16 287) душами мужского пола и 22000 десятин земли. После Манифеста от 26 февраля
1764 года все монастырские крестьяне были переданы в экономические. У монастыря остались два подворья в Москве и 30 десятин земли.