Орнитофауна парка богата и представлена 237 видами 17 отрядов (комплексная оценка 1994 года). Из них 48 видов занесены в Красную книгу Бурятии и 9 видов в Красную книгу России. В темнохвойных лесах доминируют таежные виды —
рябчик, пестрый дятел, пятнистый конек,
кедровка, сибирская горихвостка, зеленая пеночка, корольковая пеночка,
московка,
поползень и др.; малочисленны
большая горлица,
глухая кукушка,
желна,
кукша,
сойка, малая мухоловка, соловей-красношейка,
буроголовая гаичка; редки:
ворон и
щур. В горной тундре доминируют пеночка-таловка, соловей-красношейка, обыкновенная чечевица и полярная овсянка. В смешанных и лиственничных лесах орнитофауна беднее по сравнению с темнохвойными. Помимо видов, общих для хвойных и смешанных лесов — рябчика, глухой кукушки, пестрого дятла, кукши, таежной мухоловки, московки и др., для лиственничных лесов характерны такие виды как
глухарь, каменный глухарь, пятнистый конек, пеночка-таловка, пеночка-зарничка,
вьюрок и др. В пойменных экосистемах на озерах, болотах, берегах и островах рек гнездятся
лебедь-кликун,
кряква,
чирок-свистунок,
чирок-трескунок,
серая утка, красноголовая и хохлатая чернети, пятнистый сверчок,
желтая трясогузка, желтоголовая трясогузка и др. Вблизи крупных водоемов селятся хищные птицы, связанные по характеру питания с водно-болотными угодьями:
скопа,
полевой лунь,
орлан-белохвост. В лесах вблизи водоемов и болот поселяются
тетеревятник и
перепелятник. На открытых участках по бортам котловин наиболее часто встречаются такие виды птиц, как
полевой жаворонок,
дубровник,
серая цапля,
огарь,
чибис,
фифи,
поручейник и др., изредка встречаются полевой
лунь и
серый журавль.