Сергей Евлампиевич выбирался багренным атаманом Войска на багренном рыболовстве, и в
1889—
1890 г. был командирован в
Санкт-Петербург для доставки презента от Уральского Войска к Высочайшему двору (
красной рыбы и
чёрной икры). В
1891 г., по случаю празднования 300-летнего юбилея Войска, С. Е. Толстов временно назначается командующим 2-й бригадой льготных полков, и в этом качестве отдает рапорт прибывшему на празднование в Уральск цесаревичу
Николаю Александровичу. В
1893 г. за отличие по службе С. Е. Толстов произведен в
генерал-майоры.
Вскоре Сергею Евлампиевичу пришлось покинуть родное Войско. С 7 июня
1895 г. его назначают командующим Западно-Сибирской казачьей бригадой, а 12 октября
1895 г. и начальником гарнизона г.
Джаркента. Эта бригада, впоследствии развернутая во 2-ю Сибирскую казачью дивизию, успешно охраняла Российско — Китайскую границу на протяжении 2 тысяч километров. В
1896 г. С. Е. Толстова награждают
орденом Святого Владимира 3-й степени и серебряной медалью «В память царствования Александра III»; а в
1898 г. — серебряной медалью «За походы в Средней Азии».
С
1900 по
1905 г. Толстов С. Е.- наказной атаман
Терского казачьего войска. В
1901 г. он получает чин
генерал-лейтенанта, с утверждением в занимаемой им атаманской должности. В
1903 г. награждается
орденом Святой Анны 1-й степени. Но в 1905 г., из-за возникшего конфликта с
наместником императора на Кавказе, был вынужден выйти в отставку, с производством в чин
генерала от кавалерии.
На протяжении нескольких лет своей жизни С. Е. Толстов выступал с предложением по созданию нового, 12-го казачества — Тихоокеанского. По его идее, все границы России были бы надежно защищены сплошной линией казачьих войск. Но эта инициатива не нашла должной поддержки у тогдашнего военного руководства.
После отставки в
1905 г. Сергей Евлампиевич переезжает в г. Уральск и покупает для жизни одноэтажный дом на Большой Михайловской улице, сохранившийся до сих пор.