Правила посещения онсэн, подобно правилам посещения
сэнто, предписывают чтобы посетители тщательно вымыли себя с мылом и вымылись под душем перед погружением в ванну или водоём. Душ обязательно строится рядом, чаще всего под крышей и мало чем отличается от душей в
сэнто. Однако, в отличие от сэнто, считается общепринятым использовать полотенце для прикрытия наготы при посещении ванн онсэна, по крайней мере для вхождения в воду и выхода из воды. Если условия не позволяют куда-то положить полотенце на берегу, его кладут на голову. Онсэн считается местом для тихого отдыха, созерцания природы. Поэтому посетители горячих источников стараются не шуметь. В некоторых онсэн допускается приём
сакэ — маленькая бутылочка может быть взята в онсэн на специальном плавающем подносе. Очень старые онсэны могут иметь всего одну общую зону для купания (мужскую и женскую), следует точно выяснить режим её работы, т.как определённые часы могут быть назначены для купания лиц противоположного пола. Современные онсэн, расположенные в городах и оформленные в виде
аквапарков, часто требуют наличия купальника от посетителей. Подавляющее большиство благоустроенных онсэнов имеют, как правило, свой сайт в Интернете, где подробно расписаны все правила посещения, даны фотографии и подробные карты как проехать к нему.