Джулиус Агахова пришёл в «
Шахтёр» в ноябре
2000 года. Форвард прекрасно дебютировал в новом клубе, забив семь мячей в восьми матчах. В
2002 году Агахова в составе дончан стал чемпионом Украины, а также отпраздновал победу в национальном кубке. В том же году он забил единственный мяч сборной Нигерии на чемпионате мира,а именно в ворота
сборной Швеции,но представители африканского континента в итоге уступили 1:2. Травмы замедлили прогресс форварда, но он все равно помог «
Шахтёру» в
2004 году завоевать Кубок Украины. В чемпионской для клуба кампании 2004/05 Агахова провел восемь голов в 15 встречах. В сезоне 2005/06 форвард ни разу не отличился в национальном первенстве, однако выйдя на замену в золотом матче, он принёс горнякам победу в поединке против
киевского «Динамо», неотразимо пробив головой. Агахова стал героем встречи с «Шальке» в сезоне 2004/2005 в Кубке УЕФА забив на выезде мяч позволил «Шахтёру» пройти дальше, но в 1/8 «Шахтёр» был остановлен голландским «АЗ», победившим 5-2 по сумме 2-х встреч.