К концу
XVI века, однако, наметились деструктивные тенденции, заложенные в половинчатости условий Аугсбургского мира. Они были связаны, прежде всего, с территориально-политическим расширением радикального
кальвинизма (
Курпфальц,
Нидерланды,
Гессен-Кассель, Ангальт, Баден-Дурлах), враждебно встреченного как лютеранами, так и католиками, а также с набиравшей силу после завершения
Тридентского собора Контрреформацией. Под воздействием последней началось преследование протестантов в австрийских землях и некоторых имперских городах, к католическому вероисповеданию вернулись многие церковные княжества и города западной и южной Германии, а также
Баден-Баден и Пфальц-Нойбург. Кроме того, оформление под воздействием процессов конфессионализации организационных структур немецких княжеств и начало формирования государств современного типа входили в противоречие с сохранявшимися имперскими институтами. Уже в
1588 г. работа
Имперского суда была парализована, с начала XVII века из-за конфликтов между конфессиями потерял работоспособность имперский рейхстаг.
Положение императора
Рудольфа II было серьёзно подорвано конфликтами внутри Габсбургского дома, неудачами в австро-турецкой войне
1593—
1606 гг. и вспыхнувшим в
Венгрии восстанием Иштвана Бочкаи. В
1608 г. Рудольф II был вынужден отказаться от Австрии, Венгрии и Моравии, оставив за собой лишь императорский титул и Чехию, которой он предоставил широкую внутреннюю автономию (Грамота Величества,
1609), благоприятствующую развитию радикальных протестантских течений и обострению конфессионального конфликта. Ослабление императорской власти и развал правительственных институтов привёл к формированию альтернативных структур: протестантские князья в
1608 г. организовали
Евангелическую унию, а католики в
1609 г. учредили
Католическую лигу. Противостояние между конфессиями неуклонно углублялось, пока в
1618 г. в
Праге не вспыхнуло восстание против нового императора и короля Чехии
Фердинанда II. Мятеж был поддержан Евангелической унией, в конфликт включились представители обоих конфессиональных лагерей Германии, а затем и иностранные государства, в результате чего началась
Тридцатилетняя война.