Политическая позиция, занятая архиепископом Хризостомом во время событий
1990—
1991, оказала положительное влияние на судьбу православия в независимой Литве. Так, по
Конституции Литвы Православие вошло в список из девяти традиционных для края религиозных конфессий, обладающих широкими юридическими правами, в том числе правом на получение из бюджета материальных средств для строительства молельных домов и на другие религиозные нужды. По Закону о возвращении собственности епархия получила часть недвижимости, которой она владела до
1940, в частности, пять жилых многоэтажных зданий в Вильнюсе, несколько церковных зданий в провинции, жилые постройки, принадлежавшие отдельным приходам. Православным были переданы Александро-Невская и
Екатерининская церкви в Вильнюсе, за счёт государства восстановлена древнейшая вильнюсская
Пятницкая церковь, заложенная в
XIV веке. В школах с русским языком обучения православные учителя-катехизаторы преподают «Основы религии».