В
1521 году дон Мануэль скончался и на трон вступил его старший сын —
Жуан III. Он был женат на
Катарине — сестре испанского короля
Карла V, ярого сторонника инквизиции. С ней в Лиссабон прибыли многочисленные
доминиканцы. Под влиянием испанских родственников у нового монарха возникла идея учредить инквизицию в Португалии, однако лишь в
1531 году он смог обратиться в
Рим за разрешением. Переговоры с папским престолом продолжались несколько месяцев и
17 декабря 1531 года папа
Климент VII издал
буллу Cum ad nihil magis, учреждавшую инквизицию в Португалии и назначавшую на пост инквизитора
францисканца Диогу да Силву.
14 июня 1532 года папская булла была опубликована и начались повальные аресты и массовые конфискации имущества «новых христиан». Однако Диого да Силва неожиданно отказался от поста генерального инквизитора. Король Жуан III вновь обратиться в
Рим с просьбой назначить нового генерального инквизитора. Но «новые христиане» собрали большую сумму денег и, снабдив ею своего нового поверенного Дуарте да Паз, направили его в Рим с поручением перекупить папских чиновников и добиться отмены инквизиции, что и было сделано.
17 октября 1532 года Климент VII издал
декрета, повелевавший португальской инквизиции временно приостановить свою деятельность и назначавший в Лиссабон
нунция с поручением разобраться в её действиях.