В пределах городов Сопротивление представлено небольшими скрытыми базами, рассеяными по заброшенным зданиям и канализационным коллекторам. Такие пункты нумеруются и называются станциями (
Станция 1,
Станция 2,
Станция 8,
Станция 12, кроме того вероятно существуют и другие станции). За городом базы занимают опустевшие поселения, к примеру, на
побережье и Шоссе 17 и имеют собственные названия (
Новая Малая Одесса,
Леон,
Точка маяка). Каждая база подконтрольна собственному командиру, которые, в свою очередь подчиняются непосредственно лидерам Сопротивления.
До событий произошедших в
Half-Life 2 опорной базой Сопротивления была «
Восточная Чёрная Меза». Она находится за пределами
Сити 17, около неиспользуемой
ГЭС. Командиром Восточной Чёрной Мезы являлся
Илай Вэнс, однако вскоре после прибытия туда
Фримена база была уничтожена авиаударом сил
Альянса.
Главной базой Сопротивления является скрытая в лесах за городом ракетная база «
Белая Роща» во главе с
командиром Арнольдом Магнуссоном. Между базами осуществляется
радиосвязь на определённых частотах.