Как и у многих других полностью погружённых в воду растений, цветки наяды сильно упрощены. У всех наяд однополые цветки, причём цветки разных полов могут находиться на одном и том же растении или на разных. И мужские и женские цветки располагаются в узлах стебля по одному или по 2—4. Они кажутся сидячими, но в действительности заканчивают собою сильно редуцированные боковые веточки. Мужской цветок состоит из одного сидячего
пыльника с 1 или 4, реже 2 гнёздами, расположенного на очень короткой ножке и одетого трубчатым или бутылковидным, на верхушке как бы двугубым внутренним покрывалом. Это покрывало обычно принимают за
околоцветник, хотя некоторые авторы считают, что оно образовано
прицветниками. Женские цветки всех наяд не имеют такого околоцветника и состоят из одного почти сидячего
плодолистика с одним базальным анатропным
семязачатком. Верхняя, суженная часть плодолистика заканчивается 2, реже 3—4
рыльцевыми ветвями, что позволяет некоторым авторам принимать
гинецей наяд за псевдомономерный, образованный более чем одним плодолистиком. У многих видов наяд есть ещё одно, внешнее покрывало цветков обычно бутылковидной формы. У собственно наяд, например, у такое покрывало имеется только при мужских цветках, а у женских оно отсутствует или прирастает к
завязи. . Это покрывало считают гомологичным прицветнику или влагалищу обычного листа, что подтверждается наличием на его верхушке зубчиков, почти всегда имеющихся по краю верхушки листовых влагалищ. Цветки всех наяд
опыляются под водой. После созревания
пыльцы ножка мужского цветка заметно удлиняется и выносит пыльник вместе с внутренним покрывалом — околоцветником — из внешнего покрывала. Губы околоцветника расходятся в стороны, пыльник открывается отверстиями на его верхушке, и пыльца через расширившийся канал между губами выходит в воду.