Первое время активно читал лекции в американских университетах, но не оставлял политику, активно высказываясь при спорных шагах его наследника на посту премьер-министра, реагируя с позиций «обеспокоенного гражданина». В
2001 г. отказался от участия в прямых выборах премьер-министра из-за отказа
Кнессета самораспуситься. Объявил о своем возвращении в политику накануне выборов
2003, но проиграл
Ариэлю Шарону в выборах главы Ликуда. Шарон назначил Нетаньяху
министром иностранных дел в
2002, а затем после выборов в 2003 — министром финансов. Нетаньяху на этой должности продолжил свои экономические реформы, вызвавшие неприятие среди многих слоев населения, не осознававших, что экономические реформы не могут иметь сиюминутного эффекта, и опасавшихся «капитализации» во многом социалистической экономики
Израиля. Вместе с тем, данные реформы имели большое значение для банковской системы страны и привели к росту
ВВП. В августе
2005 накануне начала выполнения плана размежевания Нетаньяху в знак протеста ушел из правительства и стал во главе внутрипартийной оппозиции. В сентябре
2005 г. Шарон с группой сторонников выходит из Ликуда и создает новую партию «
Кадима». На выборах лидера Ликуда в ноябре Нетаньяху легко одерживает победу и становится заново лидером партии и кандидатом на пост премьер-министра от нее. В марте 2006 года партия Ликуд получает всего 12 мест на выборах в парламент и отказывается вступать в коалицию
Эхуда Ольмерта. После формирования правительства Нетаньяху стал лидером
оппозиции. По опросам общественного мнения после второй ливанской войны пользовался наиболее высоким рейтингом как кандидат на пост премьер-министра. В рамках своей должности Нетаньяху выступал по всем основным вопросам на повестке дня и на основных общественных форумах.