Российская
экспансия встречала сопротивление со стороны местного населения. Карательные войска, которые усмиряли бунт Емельяна Пугачева, разгромили и повстанческое движение казахского сопротивления под руководством
Сырыма Датова (1783—1797). В 1836—38 годах было подавлено восстание, которым руководили
Исатай Тайманов и
Махамбет Утемисов. Российская империя ликвидировала ханскую власть, бунт последнего казахского хана
Кенесары был подавлен в 1846 году. Казалинское восстание под руководством
Жанкожи Нурмухамедова разгромлено в 1857 году. Расправа царских войск над мирным населением при взятии крепостей
Пишпек и
Аулие-Ата в
1864 году глубоко возмутила
Чокана Валиханова — после нескольких горячих споров с полковником Черняевым, не видя иного выхода, он выходит в отставку и возвращается в Семиречье. После взятия русской армией
Чимкента (
1866) в борьбе с
Кокандским ханством вся современная территория Казахстана оказалась под властью
России.
21 ноября 1868 года в канцелярии царского правительства издается «Временное уложение», согласно которому все земли казахов переходят в государственную собственность. С этой поры начинается уже массовый приток в Казахстан русских переселенцев.