Фюзеляж самолёта Ан-12 с приподнятой хвостовой частью и большим грузовым люком обеспечивает удобные условия погрузки и выгрузки крупногабаритных
грузов, а также их воздушный сброс на
парашютах. Бортовое погрузочное устройство грузоподъёмностью 2,5 т и легкосъемный транспортёр облегчают и ускоряют процессы погрузки, швартовки и выгрузки. Конструкция фюзеляжа почти полностью совпадает с конструкцией фюзеляжа
Ан-10. Главное отличие — задняя часть
фюзеляжа
самолета, имеющая грузовой люк, рампу и хвостовую стрелковую установку с кабиной воздушного стрелка. В средней части фюзеляжа вместо пассажирского салона Ан-10 находится грузовая кабина, передняя часть самолёта с кабиной экипажа почти полностью совпадает с передней частью Ан-10. Кабина экипажа герметична и отделена от негерметичной грузовой кабины гермопереборкой с гермодверью.