Второй дивизион ПФЛ 2006

В сезоне 2006 года во втором дивизионе играла 81 команда:

^* Футбольные клубы «Уралец» (Нижний Тагил) и «Пресня» (Москва) были исключены из состава участников первенства России во втором дивизионе («Уралец» 5 июля 2006, «Пресня» 17 июля). Результаты состоявшихся матчей с их участием в сезоне 2006 года аннулированы, в турнирные таблицы соответствующих зон внесены изменения.