thumb|right|400px
В большинстве случаев
загрязнение пресных вод остаётся невидимым, поскольку
загрязнители растворены в воде. Но есть и исключения: пенящиеся моющие средства, а также плавающие на поверхности
нефтепродукты и неочищенные стоки. Есть несколько природных загрязнителей. Находящиеся в земле соединения алюминия попадают в систему пресных водоёмов в результате
химических реакций.
Паводки вымывают из почвы лугов соединения магния, которые наносят огромный ущерб рыбным запасам. Однако объём естественных загрязняющих веществ ничтожен по сравнению с производимыми
человеком.